序卷上全论大法第一六经正义第二合并启微第三风寒辨惑第四温暑指归第五湿异同第六平脉准绳第七卷下大阳病解第一阳明病解第二少阳病解第三太阴病解第四少阴病解第五厥阴病解第六制方大法第七
魏序林序自序卷一真中风症中风四言脉诀各症方药中风续论类中风症虚痨虚痨续论脉法方治虚痨不治证卷二咳嗽脉法采《圣济》五脏诸咳嗽痰饮喘促实喘方虚喘方脉息哮症惊悸脉息方药血症脉息喻嘉言龙雷之火论卷三遗精诊法赤
本草征要
卫济宝书
脉象口诀歌
自序卷一调经门经水先期而来经水过期而来经行腹痛血风卷二血崩便浊白淫淋证白带血癖经准不孕热入血室卷三广嗣论胎前门受妊脉法男女脉法双胎脉法死胎脉法鬼胎脉法逐月胎形论妊娠调护法小产安胎卷四妊娠中风妊娠伤寒妊
脉诀考证
自序痰总论痰鉴别法外治法门内治法门禁用须知宜食物品痰医案附 杨梅验方附 喉蛾捷诀
序卷一跌打损伤小引看伤有治无治之论秘传下手口诀治周身口诀损伤秘传口诀秘传接骨口诀效方开后秘传要旨总论秘传损方药名十二咏卷二总论卷三跌打水药歌观音针（一点一针）雷火针九龙针太乙救苦针又麻药方附录经验杂方
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一