正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心
序各论人参防党参西洋参北沙参甘草黄精葳蕤黄芪白术苍术桔梗天麻秦艽柴胡前胡独活羌活防风升麻细辛远志金毛狗脊淫羊藿锁阳肉苁蓉白芨三七地榆丹参元参苦参龙胆草黄连胡黄连黄芩紫草知母贝母白头翁白前白薇白鲜皮白茅
第1部分第2部分第3部分
叙静功静功妙药醒语静功妙药八懿静功妙药前珍静功妙药九种闭息导引八段锦八段锦诗十六字三字六字十二字七返九还袁了凡静功诀纪验纪验二刻
管序黄序总论十二时气血流注歌发散方十三味总方十四味加减方七厘散飞龙夺命丹地鳖紫金丹三十六大穴图说少林寺秘传内外损伤主方损伤补药方王瑞柏损伤用药论十全大补汤四物汤四君子汤八珍汤补中益气汤六君子汤加味承气
上卷临症以验舌为准统论验舌分虚实法验舌分阴阳法验舌分脏腑配主方法验舌决生死法临症以验舌为准结语下卷方略泻火清肝饮方滋水生肝饮方逍遥散加生地薄荷方逍遥散加丹皮山栀方十味温胆汤去枳实方当归建中汤去胶饴方七
本草图经序本草图经奏敕玉石上品卷第一玉屑玉泉（图缺），文具玉屑条下。丹砂空青曾青（图缺），文附空青条下。绿青扁青，文具绿青条下。石胆云母石钟乳殷孽，文具石钟乳条下。孔公孽，文具石钟乳条下。石花，文具石
经症十八问胎前三十四问产后三十四问杂症四十三问
序凡例卷上温病总论伤寒温病辨（四则）风温上焦篇风温中焦篇风温下焦篇卷下湿温上焦篇湿温中焦篇湿温下焦篇附温病治法要略附方